Em 1593, os jesuítas espanhóis, procedendo da região de Guairá e subindo o rio nilo e depois o rio Pardo, se estabeleceram com uma redução à margem do ribeirão Camapuã, a 18,0;km do Porto de desembarque no Rio Pardo e a 3,0;km abaixo da atual cidade de Camapuã. Essa redução dos jesuítas concentrou, na época, um grande número de índios catequizados, foi construída pelos paulistas, por volta de 1650, e tornou-se pouso das bandeiras que demandavam no rio Coxim, rumo às minas de Cuiabá. A rota das longas viagens, de São Paulo a Cuiabá (obra de 530 léguas por via fluvial desde Araritaguava, salvo no varadouro de Camapuã, que os irmãos Lemes abriram, em 1723, entre o sanguessuga, afluente do rio Pardo e o Coxim, criaram a necessidade de um sítio de abastecimento e proteção aos navegantes). Pela região passou Manoel Dias da Silva que, em 1739, organizou força em Goyaz para enfrentar os castelhanos, que depois marchou para o Sul. Terminada a febre do ouro e as penetrações das bandeiras, o local caiu em completo abandono. Ao longo dos anos muitos aventureiros atraídos pela lenda de tesouros valiosos mas sem êxito. Mais tarde Júlio Baís fincou rancho, instalando-se com a sua comitiva e encontrou apenas ossadas humanas.

O início do seu repovoamento origina-se no início do século XX, quando a região já havia inúmeras e prósperas fazendas de criação de gado e agricultura. Alguns fazendeiros (como Francisco Faustino Alves, Protázio Paulino de Melo, Joaquim Capestana, Benedito Bonfim, Camilo Bonfim e Lázaro Faustino) solicitaram por intermédio da Prefeitura de Coxim a criação do Patrimônio de Camapuã. Essa pretensão se realizou com a Lei nº 845 de 3 de novembro de 1921, em que o governo do estado reservou 3.600 hectares para a povoação de Camapuã, no município de Coxim. Em 1924, João da Mota costruiu no lugar a primeira casa comercial. E logo iniciou a construção de uma igrejinha, mas não foi possível concluir pois o mesmo faleceu. Em 19 de maio de 1933 (pelo Decreto nº. 272) foi criado o Distrito de Paz de Camapuã administrado pela Comarca de Coxim, sendo instalado em 22 de julho de 1933 (teve como primeiro Juiz de Paz Manoel Alves Rodrigues e como primeiro Escrivão de Paz e Oficial do Registro Civil, Lafaiete Djalma Coelho). O Decreto nº. 319, de 30 de outubro de 1933, reserva 500 hectares para o patrimônio da povoação de Camapuã, no Município de Coxim. A Lei nº. 134, de 30 de setembro de 1948 transformou Camapuã em Município.

Em 1977 o município passa a fazer parte do atual estado de Mato Grosso do Sul.